הליך של שאיבת שומן מתחיל בביצוע חתך, במיקום של בערך שני מ”מ מן האיזור ממנו מעוניינים להסיר שומן. לאחר מכן מוחדרת מחט חלולה, אשר מבצעת שאיבה באמצעות ואקום. המכשיר אליו מתבצעת השאיבה הינו שקוף, כך שהמנתח יכול לראות בכל שלב כמה שומן נשאב. במהלך ניתוח ממוצע, יצאו מן הגוף בין שניים לשלושה ליטרים של שומן.

על פי רוב, הניתוח מתבצע תחת הרדמה מקומית בלבד. יוצא מכלל זה הינו המקרה בו מתבצעת שאיבה מכמה איזורים בגוף במקביל- אז הניתוח מתקיים תחת הרדמה מלאה.